Tutta una serie di principi guida (PG) del governo d’impresa riguarda gli organi di gestione delle unità rese autonome. Nel caso degli istituti i consigli di amministrazione e di istituto sono nominati dal Consiglio federale (nel caso delle società anonime dall’assemblea generale); la direzione è designata dal consiglio di amministrazione o di istituto, fatta salva l’approvazione da parte del Consiglio federale (PG 4). I membri del consiglio di amministrazione o di istituto nonché i membri della direzione tutelano gli interessi delle unità rese autonome (PG 6). Gli organi delle unità rese autonome sono in linea di principio indipendenti gli uni dagli altri dal profilo del personale (PG 3). Per prevenire i conflitti di interesse la Confederazione deve infine deputare soltanto in casi eccezionali predefiniti rappresentanti istruibili nei consigli di amministrazione o di istituto (PG 9).
Nel quadro del principio guida 5 del governo d’impresa il Consiglio federale si impegna ad allestire un profilo di esigenze che definisca i presupposti indispensabili del consiglio di amministrazione e di istituto in vista della formazione di una volontà autonoma ed adeguata. Il Consiglio federale esercita il proprio diritto di nomina in base a questo profilo di esigenze e provvede, tenendo conto degli interessi particolari della Confederazione in quanto ente proprietario, a un’equa rappresentanza dei sessi e delle regioni linguistiche della Svizzera. Il modello di profilo di esigenze elaborato dall’AFF (cfr. download) pone esigenze a) al collegio, b) ai singoli membri e c) alla presidenza.
Inoltre il Consiglio federale allestisce ogni anno un rapporto sullo stipendio dei quadri che riferisce in merito alle retribuzioni degli organi di vigilanza e delle direzioni delle unità rese autonome.