Eine Reihe von CG-Leitsätzen beschäftigt sich mit den Leitungsorganen von verselbständigten Einheiten. Verwaltungs- und Institutsräte werden bei Anstalten vom Bundesrat gewählt (bei Aktiengesellschaften von der Generalversammlung); die Geschäftsleitung wird grundsätzlich durch den Verwaltungs- oder Institutsrat bestimmt, unter Vorbehalt der Genehmigung durch den Bundesrat (LS 4). Die Mitglieder des Verwaltungs- oder Institutsrats sowie der Geschäftsleitung wahren die Interessen der verselbständigten Einheiten (LS 6). Die Organe verselbständigter Einheiten sind grundsätzlich personell voneinander unabhängig (LS 3). Um Interessenkonflikten vorzubeugen, soll der Bund schliesslich nur noch in definierten Ausnahmefällen instruierbare Vertreterinnen und Vertreter in Verwaltungs- oder Institutsräte entsenden (LS 9).
Mit CG-Leitsatz 5 verpflichtet sich der Bundesrat, ein Anforderungsprofil zu erstellen, das die für eine eigenständige sowie sach- und fachgerechte Willensbildung nötigen Voraussetzungen des Verwaltungs- und Institutsrats definiert. Der Bundesrat übt sein Wahlrecht auf der Grundlage dieses Anforderungsprofils aus und sorgt unter Berücksichtigung der besonderen Interessen des Bundes als Eigner für eine angemessene Vertretung der Geschlechter und der Sprachregionen der Schweiz. Das von der EFV entwickelte Musteranforderungsprofil (s. Downloads) stellt Anforderungen a) an das Kollegium, b) an die einzelnen Mitglieder und c) an das Präsidium.
Im Übrigen erstellt der Bundesrat jährlich ein Kaderlohnreporting, in dem er über die Entschädigungen der Aufsichtsorgane und Geschäftsleitungen der verselbständigten Einheiten berichtet.