Une série de principes directeurs sur le gouvernement d'entreprise porte sur les organes de direction des entités devenues autonomes. Le Conseil fédéral nomme le conseil d'administration ou le conseil d’institut des établissements (dans le cas des sociétés anonymes, cette nomination incombe à l'assemblée générale); le conseil d’administration ou d’institut des établissements nomme une direction, sous réserve de l’approbation du Conseil fédéral (principe n°4). Les membres du conseil d'administration ou du conseil d'institut ainsi que de la direction défendent les intérêts de l'entité devenue autonome (principe n°6). Une personne ne doit en principe pas appartenir à plusieurs organes d’entités devenues autonomes (principe n°3). Afin d'éviter les conflits d'intérêts, la Confédération ne doit dorénavant être représentée dans les conseils d’administration ou d’institut d’entités devenues autonomes par des personnes recevant des instructions que dans des cas exceptionnels déterminés (principe n°9).
Par le principe n°5, le Conseil fédéral s'engage à établir un profil d’exigences énumérant les conditions auxquelles les membres du conseil d’administration ou du conseil d’institut doivent répondre pour garantir une formation d’opinion autonome et objective. Le Conseil fédéral exerce son droit de nomination sur la base de ce profil d’exigences et veille à assurer une représentation appropriée des deux sexes et des régions linguistiques de la Suisse en tenant compte des intérêts particuliers de la Confédération en qualité de propriétaire. Le modèle de profil d'exigences établi par l'AFF (voir documents à télécharger) comprend des exigences vis-à-vis a) du collège, b) des membres et c) de la présidence. En outre, le Conseil fédéral élabore chaque année un rapport sur le salaire des cadres, dans lequel il présente les indemnités qui sont versées aux organes de surveillance et aux directions des entités devenues autonomes.