Avec le compte de la Confédération, les comptes spéciaux forment une partie du compte d’Etat ; ils sont soumis aux Chambres fédérales en vertu d’une réglementation de droit spécial. La nécessité d’une présentation séparée découle de décisions parlementaires ou du caractère particulier des prestations ou du financement. Il existe actuellement quatre comptes spéciaux :

2 Fonds pour les grands projets ferroviaires

2.1 Base légale, structure et compétences
Le Fonds pour les grands projets ferroviaires sert à financer les grands projets ferroviaires suivants (art. 196, ch. 3, de la Constitution fédérale) :

Rail 2000 : 1re étape et développement futur de l’infrastructure ferroviaire ;
nouvelle transversale alpine (NLFA) ;
raccordement de la Suisse orientale et de la Suisse romande au réseau européen de trains à grande vitesse ;
mesures de protection contre le bruit le long des voies ferrées.

Le fonctionnement du Fonds pour les grands projets ferroviaires est réglé par l’ordonnance de l’Assemblée fédérale du 9.10.1998 portant règlement du fonds pour les grands projets ferroviaires.

Le Fonds pour les grands projets ferroviaires est juridiquement dépendant mais est doté d’une comptabilité propre. Il est alimenté par une partie du produit de l’impôt sur les huiles minérales, de la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) et de la redevance sur le trafic des poids lourds liée aux prestations (RPLP). Le Conseil fédéral décide périodiquement dans quelle mesure les différents moyens financiers issus des trois sources sont versés au fonds (art. 4 du règlement). Il prend sa décision sur la base d’un plan financier triennal garantissant la couverture des coûts des projets. Il informe le Parlement du résultat en même qu’il lui transmet le budget ou – au début d’une législature – le plan financier de la législature.

L’Assemblée fédérale fixe chaque année par arrêté fédéral simple, en même temps qu’elle statue sur le budget de la Confédération, les moyens financiers consacrés aux divers projets. Pour ce faire, elle approuve un crédit budgétaire pour chaque projet (art. 3 du règlement). L’Assemblée fédérale approuve en outre les comptes du fonds (art. 8, al. 1, du règlement).

2.2 Fonctionnement du Fonds pour les grands projets ferroviaires
Dans une première phase d’existence du fonds, on se trouve face à un pic d’investissement en raison du cumul des projets. Les recettes à affectation spéciale ne suffisent pas à couvrir les charges annuelles du fonds. La Confédération couvre alors annuellement le découvert par l’octroi d’avances (art. 6, al. 1, du règlement). Les avances octroyées ne peuvent excéder en valeur cumulée 8,6 milliards de francs (aux pris de 1995) (art. 6, al. 2, du règlement). La Confédération se procure temporairement les fonds nécessaires sur le marché des capitaux, augmentant ainsi provisoirement le niveau d’endettement de l’Etat.

Dans la seconde phase d’existence du fonds, les recettes affectées seront plus élevées que les prélèvements. Conformément au règlement, au moins 50 % des recettes affectées issues de la TVA et de la RPLP devront servir au remboursement intégral des avances, et ce à compter du début de l’exploitation commerciale du tunnel de base du Saint-Gothard. De la sorte, on réduira progressivement la part de l’endettement de la Confédération due aux avances consenties au Fonds pour les grands projets ferroviaires.

Le fonds sera dissous dès que les divers projets seront achevés et que les avances, rémunérées aux conditions du marché, auront été entièrement remboursées.

3 Fonds d’infrastructure

3.1 Bases légales, structure et compétences
Le Fonds d’infrastructure vise à renforcer, à mieux planifier et à garantir à long terme le financement du trafic d’agglomération, du réseau des routes nationales et des routes principales dans les régions de montagne et les régions périphériques. Le fonds d’infrastructure repose sur les art. 86, al. 3, et 173, al. 2, de la Constitution fédérale. La loi du 6 octobre 2006 sur le fonds d’infrastructure (LFInfr) en règle les principes, et l’arrêté fédéral du 4 octobre 2006 concernant le crédit global pour le fonds d’infrastructure fixe la répartition entre les différentes tâches (crédit global pour le fonds d’infrastructure).

La forme du fonds d’infrastructure est celle d’un fonds sans personnalité juridique mais néanmoins doté de sa propre comptabilité.

L’Assemblée fédérale approuve chaque année les comptes du fonds et décide ‑ en même temps qu’elle statue sur le budget de la Confédération – des prélèvements et des apports annuels. Le fonds ne peut s’endetter, et ses liquidités ne peuvent porter intérêt. Le Conseil fédéral établit une planification financière pour le fonds, qu’il porte chaque année à la connaissance du Parlement en même temps que le budget. Par ailleurs, le Conseil fédéral peut augmenter le crédit global et les plafonds de dépenses de projets d’agglomération urgents en fonction du renchérissement intervenu et de la TVA.

3.2 Fonctionnement du Fonds d’infrastructure
A sa création, le Fonds d’infrastructure a été doté de 2,6 milliards de francs, provenant, comme les apports annuels, du produit affecté de l’impôt sur les huiles minérales.

Les moyens dont le fonds disposera durant sa période d’existence (20,8 Mrd. CHF aux prix de 2005) se répartiront comme suit entre les tâches dévolues au fonds :

achèvement du réseau des routes nationales (8,5 Mrd. CHF) ;
élimination des goulets d’étranglement du réseau des routes nationales (5,5 Mrd. CHF) ;
trafic d’agglomération (6 Mrd. CHF) ;
routes principales dans les régions de montagne et les régions périphériques (0,8 Mrd. CHF).

Le fonds d’infrastructure est limité à 20 ans.

L’achèvement du réseau des routes nationales conformément à l’arrêté fédéral des années 1960 se fera conjointement avec les cantons. En ce qui concerne l’élimination des goulets d’étranglement du réseau des routes nationales (tâche de la Confédération) et le trafic d’agglomération (contributions d’investissement et prêts aux cantons ou aux agglomérations), le Conseil fédéral présente périodiquement au Parlement des messages de programmes (pour la première fois à la fin de 2009), sur la base desquels l’Assemblée fédérale décide quels moyens du crédit global il libère en faveur des projets prêts à être réalisés. Les contributions destinées aux routes principales dans les régions de montagne et les régions périphériques représentent des contributions globales allouées annuellement aux cantons.

4 Domaine des Ecoles polytechniques fédérales (EPF)

4.1 Struktur und Führung des ETH-Bereichs
Le domaine des EPF comprend (cf. chap. 2, 3 et 5 de la loi sur les EPF) :

les deux Ecoles polytechniques fédérales (Zurich et Lausanne) ;
l’Institut Paul Scherrer ;
l’Institut fédéral de recherches sur la forêt, la neige et le paysage ;
le Laboratoire fédéral d’essai des matériaux et de recherche ;
l’Institut fédéral pour l’aménagement, l’épuration et la protection des eaux, de même que
le Conseil des EPF, son organe stratégique de décision, avec son état-major, et
la Commission de recours des EPF, son organe de recours indépendant.

Le Conseil fédéral gère le domaine des EPF par un mandat de prestations et une contribution financière. Il présente le mandat de prestations tous les quatre ans pour approbation au Parlement. Le mandat de prestations précise les priorités et les objectifs du domaine des EPF en matière d’enseignement, de recherche et de services pour la période de prestations. De son côté, le Conseil des EPF passe avec les EPF et les établissements de recherche des contrats d’objectifs quadriennaux. A la fin de chaque période de prestations, le Conseil des EPF évalue de façon exhaustive la réalisation des objectifs et transmet ses conclusions au Conseil fédéral sous la forme d’un rapport sur les prestations. Le budget, les comptes et la documentation complémentaire (rapport concernant le budget, rapport d’activité) sont soumis chaque année aux Chambres fédérales.

4.2 Gestion financière du domaine des EPF
Sur la base du mandat de prestations et dans le cadre du message relatif à l’encouragement de la formation, de la recherche et de l’innovation, le Conseil fédéral propose au Parlement un plafond de dépenses quadriennal (art. 34b de la loi sur les EPF). Chaque année, les contributions à l’exploitation et aux investissements sont imputées à ce plafond de dépenses. Les crédits d’engagement relatifs aux immeubles du domaine des EPF sont soumis au Parlement avec le message sur le budget. Les immeubles sont propriété de la Confédération, et dans un souci de transparence des coûts, le domaine des EPF s’acquitte d’un loyer dont le montant est pour l’essentiel déterminé par un calcul théorique de l’intérêt du placement immobilier. En contrepartie, la Confédération met à la disposition du domaine des EPF un montant similaire lui permettant de couvrir ses frais d’hébergement ; cette somme n’est pas incluse dans le plafond de dépenses.

4.3 Comptes du domaine des EPF
La présentation des comptes du domaine des EPF est régie par l’ordonnance ad hoc et par les principes de la comptabilité commerciale. Le budget se compose du compte de résultats consolidé, du compte des investissements et du compte des flux de fonds (art. 16 de l’ordonnance sur le domaine des EPF).

5 Régie fédérale des alcools

5.1 Généralités
La Régie fédérale des alcools (RFA) est chargée de l’application de la législation sur l’alcool. D’une part, elle est une autorité fiscale, et d’autre part, elle exploite un centre de profits, Alcosuisse, qui détient le monopole de l’importation des alcools et eaux-de-vie à haute teneur en alcool (80 % vol et plus). En sa qualité d’autorité fiscale, la RFA contrôle et impose l’importation, la production et le commerce des produits alcooliques régis par la législation sur l’alcool. Un de ses objectifs importants est de contrer les effets néfastes de la consommation des boissons alcooliques. Les bases légales dont dispose la RFA sont données par les art. 105, 112 et 131 et la Constitution fédérale et par la loi fédérale sur l’alcool. Le bénéfice net de la RFA s’élève en moyenne annuelle à plus de 240 millions de francs, dont 90 % sont reversés à l’AVS/AI et 10 % reviennent aux cantons au prorata de leur population pour des mesures de lutte contre l’abus de substances engendrant la dépendance.

5.2 Comptes de la Régie fédérale des alcools
La RFA est une régie de la Confédération et tient sa propre comptabilité, conformément à l’ordonnance concernant la gestion financière et le compte de la Régie fédérale des alcools. Le budget et les comptes d’Alcosuisse font l’objet d’une présentation séparée dans le compte spécial de la RFA.

Dernière mise à jour le: 03.04.2012